Cuando unos "mechas" atacan un centro de investigación, alumnos, pilotos e investigadores se defenderán con la ayuda de unos misteriosos artefactos y un joven samurái.
Yukina, una estudiante, está de visita en el Laboratorio de Kurobe cuando este sufre un ataque. Mientras escapa, Yukina toca un misterioso cubo.
Kennosuke Tokisada Ouma sale del cubo y trata de salvar a Yukina, pero queda inconsciente. Una nueva amenaza emerge de las profundidades de la bahía de Toyama.
Kennosuke y Yukina salen victoriosos, pero el enemigo se escapa. Lo vuelven a capturar, pero vuelve a escapar, y encuentra a Koharu.
Tras ver cuánto duerme Kennosuke, el tío de Yukina le invita a vivir con la familia. El mundo moderno no deja de confundirle.
Yukina retoma las clases en el instituto, confiando en que todo vuelva a la normalidad. Pero el nuevo "estudiante de intercambio" supondrá una desagradable sorpresa.
Ken y Yukina reanudan la batalla contra el mecha "Cangrejo Amarillo". Akagi y Kayahara desafían a las autoridades y se aproximan a la zona de combate.
Cuando el piloto del "Cangrejo Amarillo" se quita la vida, Yukina pierde la voluntad de luchar. Después se entera de que Akagi y Kayahara siguen desaparecidos.
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Ken, Akagi y Kayahara continúan la búsqueda de Yukina. Sin ella, el centro de investigación carece de potencia suficiente para repeler el ataque de un enorme Geoframe.
Ken parece reconocer al piloto capturado. Cuando le interrogan en el centro de investigación, este confiesa que está allí para recuperar cierto objeto.
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Kennosuke cae herido por una mujer cuyo rostro es idéntico al de su princesa. Antes de que esta logre asestar el golpe de gracia, una misteriosa figura interviene.
Los habitantes de la zona inician la evacuación y los alumnos del instituto se trasladan a otros centros. Carlos no sabe qué decir acerca de su situación.
Sophie impresiona a Ken al obtener excelentes resultados con el GAUS de un solo piloto, pero la chica se entera de que sus padres quieren que se vaya de Japón.
Graham ordena la búsqueda de los dos pilotos enemigos desaparecidos. Mientras, la nave nodriza Efidolg despliega otro geoframe más.
Tras cobrar su sueldo, Yukina y Ken deciden ir juntos a unas fuentes termales. Los rumores sobre su plan se extienden por todo el instituto.
La desaparición de Yukina causa pánico en el Instituto de Investigación, el Dr. Hausen hace un descubrimiento sorprendente, y Sophie recibe un misterioso mensaje.
Ken acude al rescate, pero Yukina ya está planeando su huida. Desafortunadamente, se encuentra con Mirasa. Entretanto, Sophie aprende más cosas sobre el enemigo.
Ken y Yukina regresan sanos y salvos, pero no hay tiempo para celebrarlo: el centro de investigación anuncia que la nave nodriza enemiga aterrizará pronto en la Tierra.
El enemigo asedia el centro de investigación. En casa, Yukina y los demás reciben información sobre Efidolg y Takehito, el padre desaparecido de Yukina.
Ken y Yukina llevan a Muetta a la escuela, provocando un gran revuelo entre los pocos alumnos que quedan. Carlos anuncia que ha terminado el guion de su película.
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