Après avoir été abbatu lors de sa première bataille avec un combattant de l'anti-alliance, Shin se réveille et se retrouve bloqué sur une île, Maya. Coincé avec eux pendant que ses blessures guérissent et pendant qu'il essaie de trouver…
L'Alliance a développé son propre chasseur transformant, le VF-0 (ou "Zero"). Sa première sortie est au dessus de l'île de Maya, mettant la vie de Mao et des autres insulaires en danger mais donnant à Shin l'occasion de revenir.
Shin découvre que Sara et Mao ont d'étranges capacités liées à l'île.
Après un atterrissage forcé, Shin trouve une prêtresse dans la jungle maya. Bien qu'ils soient tous les deux capturés et torturés, ils parviennent à s'échapper mais ils sont poursuivis sans relâche par leurs ennemis.
Dans le Pacifique Sud, deux forces militaires se préparent à mener une guerre nucléaire. En désespoir de cause, Shin et Sara décident de se sacrifier. . . afin de protéger le peuple maya.
